يمكن التأريخ للعلاقات السودانية الإيرانية بالعام 1979، بعيد «الثورة الإيرانية»، واستلام الملالي للحكم هناك، فتحرك الإسلاميون السودانيون، ونظموا تظاهرات عارمة في أنحاء مختلفة من البلاد، فرحا وتهليلا لما سموه وقتها «الثورة الإسلامية».
بيد أن العلاقات بين البلدين عادت لتتوتر مرة أخرى إبان الحرب العراقية